2007年，注册资本5000万的申通快递有限公司（以下简称"申通快递"）、拥有注册商标"STO申通快递"成立，是申通快递网络的总部。申通快递负责对申通快递网络加盟商的授权许可、经营指导、品牌管理等。目前，申通快递担任中国快递协会、上海快递行业协会和浙江快递行业协会副会长单位，旗下的加盟商在各个省份也分别担任着副会长或理事单位。
1993年，申通快递品牌创建，是国内早经营快递业务的品牌之一（跟EMS快递同等级），历经十多年的发展，申通快递在全国范围内形成了完善、流畅的自营速递网络，基本覆盖到全国地市级以上城市和发达地区县级以上城市，尤其是在江浙沪地区，基本实现了派送无盲区。申通快递在全国各省市（包括西藏拉萨等偏远地区）有六百多个一级加盟商和两千多个二级加盟商、四千多个门店，50多个分拨中心，全国网络共有从业人员四万多名，上万辆干线和支线网络车，日均业务量近百万票，年营业额超过四十亿元，成为国内快递网络完整、规模的民营快递体系。
申通快递主要提供跨区域快递业务，市场占有率超过百分之十，使公司成为国内快递行业的之一。随着国内快递需求的多样化，公司紧贴市场，不断进行产品创新，继续提供传统快递服务的同时，也在积极开拓新兴业务，包括第三方物流、电子商务物流配送服务和代收货款业务、仓储服务、贵重物品通道服务等，目前已经成为国内重要的电子商务物流供应商。