1、降低换热效率
多数换热器由碳钢构成，碳钢的热导率为46.7-52.2W/(M.K)，但碳酸盐的热导率为0.464-0.697W/(M.K)，只有碳钢1%左右，由此可见，水垢或其他沉积物的热导率比金属低得多，因此，当水垢或其他沉积物覆盖在换热器的换热表面时，会大大降低换热器的换热效率。
2、使循环水量减少
沉积物或微生物黏泥覆盖在换热器的换热管壁甚至阻塞换热管时，使的循环水通道的截面积和通量减小，从而使换热效率进一步下降。
3、降低了水处理药剂的使用效果
沉积物与微生物黏泥覆盖在金属表面上会阻止水中的缓蚀剂、阻垢剂和杀生剂到达金属表面发生缓蚀、阻垢和杀菌的作用，并且有些微生物还会与一些水处理药剂发生反应，从而破坏和降低了这些药剂和使用效果。
4、加速腐蚀
沉积物和微生物垢的产生，促使了浓差腐蚀电池的形成及垢下腐蚀的产生，从而使金属的腐蚀加速加剧。
5、减短设备的使用寿命：
由于阻止了设备的有效换热，从而使换热面上的金属处于长期高温热负荷状态，导致金属疲劳;另一方面，腐蚀的发生会导致换热管管壁变薄，尤其是垢下腐蚀会导致设备穿孔泄漏，这些情况的发生，使得设备的使用寿命被缩短。
6、增加运行成本
为了使设备保持足够的换热效率，必须采取诸如增加水量等措施，同时为维修因腐蚀等原因造成的设备损坏，必然回增加费用，从而增大了设备的运行成本。