①农药残留检测仪器：主要是气相色谱仪(GC)加液相色谱仪(HPLC)辅助检测，当物质较为简单时，用气相色谱与质谱联用仪(GC–MS)定性检测，当基质较为复杂时，用 LC–MS 甚至用 GC–MS–MS 确证。
②有害化合物残留、渔药和兽药残留检测仪器：由于这类残留物较复杂，一般用液相色谱仪进行检测为主，以气象色谱仪、离子色谱(IC)、薄层色谱(TLC)等辅助检测。当需要做多种残留快的速检验，几乎均用 LC–MS–MS。
③有害元素及其价态的检测仪器：最常用的检测仪器是原子荧光光谱仪(AFS)、原子吸收光谱仪(AAS)、电感耦合等离子光谱仪(ICP)和具有更高灵敏度的 ICP–MS；为鉴定元素的价态，一般采用元素分析仪与各种色谱分离系统联用。
④细菌病源性检测仪器：传统的检测仪器是用镜检和菌落计数器等，目前用于细菌、致病菌鉴定的仪器有六种以上。广为应用的仪器包括基因检测仪器、碳源代谢利用率检测仪器、生物芯片技术平台、基于表面等离子谐振(SPR)仪器及基于细菌特征脂肪酸谱的仪器。