1．数控钻孔
FPC柔性印制板中通的钻孔现在大部分仍然是用数控钻床钻孔，数控钻床与刚性印制板使用的数控钻床基本上相同，但钻孔的条件有所不同。由于柔性印制板很薄，能够把多片重叠钻孔，如果钻孔条件良好的话可以把10～15片重叠在一起进行钻孔。
2．冲孔
冲微小孔径不是新技术，作为大批量生产已有使用。由于卷带工艺是连续生产，利用冲孔来加工卷带的通孔也有不少实例。但是批量冲孔技术仅限于冲直径O．6～0．8mm的孔，与数控钻床钻孔相比加工周期长且需要人工操作，由于最初工序加工的尺寸都很大，这样冲孔的模具也相应要大，因而模具价格就很贵，虽然大批量生产对降低成本有利，但设备折旧负担大，小批量生产及灵活性无法与数控钻孔相竞争，所以至今仍无法普及。
3．激光钻孔
用激光可以钻最微细的通孔，用于FPC柔性印制板钻通孔的激光钻孔机有受激准分子激光钻机、冲击式二氧化碳激光钻机、YAG激光钻机、氩气激光钻机等。