查干湖有着悠久的历史和灿烂的文明，经考古发现，查干湖边的青山头，早在一万三千余年前的旧石器时代晚期就有古人类居住，一直到距今四、五千年左右的新石器时代，人类仍然在这里繁衍生息。在宋辽时期，查干湖称为大水泊，辽代从圣宗皇帝一直到天祚皇帝，每年春季都千里迢迢地从京城带领群臣及皇后、嫔妃们到查干湖渔猎，称为"春捺钵"，届时会见部落首领，举行"头鱼宴"和"头鹅宴"。在查干湖东北的辽金古城--塔虎城，是国家重点文物保护单位，是目前吉林省内规模较大、保存比较完好的辽金古城之一。相传1211年,成吉思汗来到科尔沁草原征服金国的时候,在大水泊(查干湖)边焚香祭拜,从此查干湖就被传扬为"圣湖"，直到现在，查干湖在冬季捕鱼之前，都要举行传统、神奇的祭湖醒网仪式，一方面是对查干湖的敬重，同时求得兴旺发达，获得丰收。查干湖还与清孝庄皇后有着密切的联系，孝庄皇后的父母去世后，顺治帝颁诏，将其父母陵设立在查干湖畔，并追封其父母为"和硕忠亲王"和"忠亲王贤妃"，赐满蒙文碑以彰其德，文碑记载着满清"北部联姻，南部封王"政策，是研究清朝典章制度和满蒙民族历史、文化的实物资料，也是清朝皇室与科尔沁蒙古族联姻的历史佐证。清朝时期，这里还是方圆数百公里范围内的宗教文化中心，曾建有妙因寺等庙宇。现在，妙因寺恢复重建后，以妙因寺为载体形成了庙会、查玛舞、千灯法会、祭湖、祭敖包等一系列宗教文化活动。时至今日，这里所形成的独具特色的蒙古族东部文化、民族风俗依然保存得十分完整，尤其查干湖冬捕是人类渔猎文化的活态遗存。
查干湖所在的前郭县，"郭尔罗斯"源于蒙古古部落名"豁罗剌斯"的译音，意为"江河"。前郭尔罗斯位于松花江南岸，故前郭尔罗斯蒙语意为"江南"。西周、春秋、战国时期为秽貊地。汉、魏、晋、南北朝中期属夫余国。唐初为高句丽所据。在唐代的渤海时期属渤海夫余府。辽代，本地为契丹二十部游牧地，属上京道临潢府长春州辖。长春州址即前郭县八郎乡北上台子村北塔虎城遗址。金初，仍属长春州辖。天德二年(1150年)长春州降为县。承安三年(1198年)，于长春县置泰州后，隶属泰州昌德军。元代属开元路。元至元二十三年(1286年)后，归辽阳行省、中书省管辖。明初，为元初功臣木华黎的后代纳哈出所控。明洪武二十年(1387年)，纳哈出降明。洪武二十二年(1389年)五月，明置泰宁、朵颜、福余三卫指挥使司，此时本地属三卫辖。明洪熙元年(1425年)，东部"鞑靼"内乱，元太祖弟哈布图哈萨尔十四世孙奎蒙克塔斯哈喇被逼游于福余卫，后为福余卫长。明正统十二年(1447年)春，泰宁、朵颜、福余三卫进攻明朗，被明军打败。这时蒙古瓦剌、也先来犯，三卫不支，泰宁、朵颜降也先，独福余卫长奎蒙克塔斯哈喇避走脑温江(嫩江)，据其地，号嫩科尔沁。明嘉靖年间，嫩科尔沁分四部，即科尔沁部及其右翼扎赉特部、杜尔伯特部、左翼郭尔罗斯部。郭尔罗斯部分给奎蒙克塔斯哈 剌之孙(哈布图哈萨尔十六世孙)乌巴什，号二旗。清崇德元年(1636年)，乌巴什之孙(奎蒙克塔斯哈喇五世孙)固穆，因征明有功，参加皇太极称尊大典，叙功封为"扎萨克辅国公，诏世袭罔替"。从此郭尔罗斯部二旗为固穆所辖。顺治五年(1648年)，固穆从兄布木巴被封为"扎萨克镇国公，诏世袭罔替"。郭尔罗斯部二旗沿松花江明确疆界，分为前、后(南、北)旗，固穆系世掌前旗(俗称南公)，布木巴系世掌后旗。此为郭尔罗斯前旗旗制之始。清朝实行盟旗制，郭尔罗斯前旗与后旗同科尔沁六旗、杜尔伯特旗、扎赉特旗会盟于哲里木。郭尔罗斯前旗属于哲里木盟十旗之一，统属于清朝理藩院。1912年，中华民国建立，初期沿袭清朝建制，郭尔罗斯前旗仍属哲里木盟。1932年沦为日本帝国主义的殖民地，属吉林省辖。1945年，东北光复后，由于时局的变化，郭尔罗斯前旗曾几易隶属关系。1946年1月，隶属吉江省行署;同年2月成立郭前旗政府，六月隶属辽吉省三专署;9月隶属辽吉省二专署;1948年7月隶属嫩江省;1949年5月划归吉林省辖。1955年9月27日国务院第19次全体会议讨论通过了"关于撤销郭尔罗斯前旗建制，成立前郭尔罗斯蒙古族自治县的决定"。1956年1月1日，正式成立前郭尔罗斯蒙古族自治县。1956年4月，隶属吉林省白城专区，后属松原市。