黄晓军教授长期聚焦白血病等其他恶性血液疾病的前沿研究和临床，创建骨髓移植中国科学新方案—“北京方案”，解决了“供者来源匮乏”这一世界性医学难题，使亲属成为移植供者的概率由不足25%上升至接近；显著提高了患者生存，使半相合移植白血病的3年生存率从约20%升至70%左右。北京方案改变了世界半相合移植“不可逾越”的传统观念，使半相合移植成为白血病一线方案，促进了全球白血病和骨髓移植学科的在近20年的长足进步。

黄晓军教授主持国家863计划、国家杰出青年基金、国家自然基金重点项目等国家项目，在白血病等恶性血液病的、诊断等方面进行了系统性和开创性工作，以或通讯作者身份在新英格兰医学杂志（New Eng J Med，2篇）、临床肿瘤学（J Clin Oncol，1篇）、血液学（Blood，6篇）、白血病（Leukemia，5篇）等国际期刊发表SCI论文190篇，主编专著20部。牵头制定多项中国及亚太血液病指南/标准并推广普及，主持我国高水平多中心临床研究，领导建设中国造血干细胞移植登记数据库、慢性髓性白血病联盟，促进我国血液病诊治的规范化及人才建设。

造血干细胞移植是白血病的有效方式,供者来源缺乏是一世界性难题，北京大学人民医院黄晓军团队在自创的粒细胞集落刺激因子诱导免疫耐受的基础上，对单倍体移植技术的多个方面进行了创新与改进，形成国际公认的原创非体外去T单倍体造血干细胞移植体系——“北京方案”；“北京方案”白血病取得与同胞全合一致的疗效。２０１６年，该方案被世界骨髓移植协会推荐作为全球缺乏全相合供体的移植可靠方案；该方案还被写入国际骨髓移植教材，并被美国、英国等国骨髓移植相关指南引用。

“北京方案”白血病取得与同胞全合一致的疗效。２０１６年，该方案被世界骨髓移植协会推荐作为全球缺乏全相合供体的移植可靠方案；该方案还被写入国际骨髓移植教材，并被美国、英国等国骨髓移植相关指南引用。“北京方案”改变了全球造血干细胞移植的格局，近3年已成为我国来源类型的移植方式，也促进了欧美单倍体移植的快速发展，使造血干细胞移植进入“人人都有供者”的新时代. 主要贡献如下： （1） 发展完善了国际原创的单倍体移植体系：突破免疫屏障，使造血干细胞移植这种白血病方法不再限于“配型相合”，“父母供子女，子女供父母”等“单倍体移植”模式取得与全合移植相同疗效。此体系的发展与应用成功解决了“供者匮乏”这一困扰全世界的关键临床问题，迎来了“人人都有移植供者”新时代。 （2）移植合并症防治：建立了以分层乃至个体化为特色的移植后白血病复发及移植物抗宿主病新型防治体系，临床上实现了抗白血病效应和移植物抗宿主作用分离，提高了患者生存。 （3）白血病分层与靶向：国际上首次证实口服砷剂可替代静脉砷剂急性早幼粒细胞白血病（APL），在此基础上证实非高危APL患者口服砷剂联合维甲酸即可获长期生存，首次实现了不输液、不化疗白血病可行性；还发现APL砷剂耐药时新的“突变热点区”。