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分离系统主要就是色谱柱，它主要起到分离的作用。在使用色谱柱尤其是使用极性色谱柱时要除去载气中的氧，要注意在更换气瓶时不要混入空气，也可以在气体流路中安装氦气净化器。
如果有鬼峰等出现，应该先考虑切除色谱柱进样口端的部分长度，并视基线和柱流失的情况，对色谱柱适时进行老化。老化色谱柱一般按照慢升快降的原则，初始温度50 ℃以5 ℃/min升到限制温度下20℃，保温30 min，20 ℃/min下降到50 ℃，如此循环2~3次即可。需要注意的是，色谱柱老化时应将色谱柱和检测器端断开，否则会污染检测器。如果还是不能除去色谱柱柱内残留的难挥发的物质，可切掉连接进样口端的色谱柱30~50 cm左右，然后再老化色谱柱。
如果色谱柱不再使用时，应该将色谱柱两端插入废弃的隔垫中堵死，使色谱柱管内与外部空气隔离，避免空气进入色谱柱，破坏色谱柱内部涂层。
当色谱柱的分离效率出现降低时，这将会影响到分离度，应该视情况更换新的色谱柱。
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