一、在高新认定工作当中出现的问题大抵可以总结如下：
1.不理解、不清楚新政策。不少企业没有关注新的高新认定标准，对于新的标准不太了解，在准备资料的过程中，仍然按照往年的思路进行，结果资料不完备，从而导致无法通过认定。
2.不重视本次认定。部分企业员工受了一些培训机构的讲解后，认为资料准备相对简单，没有系统的安排重新认定的准备工作、投入足够的人力，结果认定准备混乱，资料无法体现企业材高新资质，终也无法通过认定。
3.企业内部工作不能够协调。高新认定工作涉及财务、技术、人力等诸多部门，由于事前未能统一理解高新认定的新标准，导致部门配合不协调，资料准备不一致，拖延了申报的过程、甚至无法完成年度的申报。
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二、自身资质问题
在具体高新认定条件准备中，我们发现企业自身资质疑难点主要集中在以下几个方面：
(一）技术性指标不达标
1.高新领域无法界定。
由于此次高新领域的调整，原有的部分领域被删除或简化，同时新的领域在某些部分存在含糊，比如第五大类的“高技术服务业”，规定甚为笼统。因此不少企业无法找到完全贴合企业产榀或技术的领域，从而导致企业在申报时出现领域选择不准确而无法通过评审的情况。
2.核心自主知识产权缺乏。
由于中国专利保护力度仍然在完善当中，当企业拥有了行说的技术后，一般不太愿意进行公开专利申请。这就导致很多企业虽然具有符合高新领域的技术或产榀，其相应的技术等也的确达到国内甚至国际水平，但囿于未专利申请的限制，依然无法达到高新认定的要求。
3.项目归集困难。
在本次新标准下，很多企业进行项目归集时不能很好的描绘出符合高新领域的要素，导致研发项目不被评审专家所认可，从而使得该项目相关的费用等被扣除出研发费用，进而让企业出现研发费用达不到比例的境况。
（二）财务性指标不足
1.研发费用不足
对于研发费用归集，财税【2006】88号文，财企【2007】194号文均有相关规定，而本次工作指引终设定的研发费用核算范围与会计准则并不一致，企业进行费用归集的时候存在障碍，甚至不少进行专项审计的中介机构在前期也无法明确研发费用的归集，这在很大程度上拖延了企业材高新申报进程。
2.高新收入达不到标准
企业高新产榀的收入一般容易核算。但一些从事高新技术服务的企业则存在问题，由于原有管理的缺失，许多企业材技术服务收入并未在技术市场进行登记，或登记的合同实际收入未满总收入的60%。对于这一情况，在2008年度的认定工作中，各地机构把握的尺度并不统一。以北京为例，科委要求该类企业在高新申报时必须提供登记合同，而其他很多地方则并没有如此要求。但可以预见的是，在2009年随着高新认定工作的进一步完善，技术服务收入的合同必须登记将成为高新申报的必备条件。
（三）其他指标存在问题
在本次认定过程中，有不少企业组织管理水平欠缺。比较突出的就是许多原本就具有高新资格的企业并没有相对完善的研发组织和管理制度，较多的采取的是粗放式管理，在准备相关资料的时候未能较好的进行提炼整合，使得企业在此方面不能够很好的得分。
此外，在科技与研发人员管理上，也有企业相对不完善，特别是一些科研院所转制的企业，院企不分，导致科技与研发人员无法确定人数。