企业通过ISO9000认证体系，应该如何应用，还有在具体操作中我们应注意解决好四个方面的问题。
（一）统一思想，提高认识。认识是行动的先行导向。在具体贯彻和导入ISO9000质量管理体系的工作中，企业全体员工要更加进一步统一思想，提高认识，克服以下的几种错误倾向。，认为商业企业贯标是在搞形式主义。第二，认为贯标是贯标部门的事，与单位（部门）无关的错误认识。第三，经常患得患失的错误认识。第四，认为我们相关部门的人员素质参差不齐，与ISO9000国际标准相距太远，不如维护现状，还是老传统管用的错误思想。第五，认为贯标是对领导权力削弱的错误认识。
（二）加强领导，全员参与。切实导入和推行ISO9000质量管理体系，让ISO9000质量标准在生产经营管理中得到实际应用，“一把手”作为企业的决策者和组织者，要充分发挥体系运行的导航作用，避免质量管理体系运行流于形式；要把企业宗旨、发展方向与内部环境统一起来，使员工充分参与体系的运行，实现工作目标；要把质量管理体系真正纳入企业发展的重要议事日程，在人员、经费等方面给予充分保证，为贯标工作创造必要的条件。我们还要注意相应的组织指挥系统和传导系统的建立和运作，做到决策者有思路，组织者有方案，工作者有责任，齐抓共管，务求实效。
（三）统筹兼顾、注意方法。要注重科学性和实用性。在导入ISO9000质量管理体系的过程中，我们不仅要通过宣传、培训、指导等形式，使企业的全体员工对质量管理体系的标准做到知之、懂之、用之,而且要利用经济的、市场的、行政的手段和措施，认真解决好生产经营管理中的服务、督促、落实和有效监控问题。此外，我们还要认真研究和扬弃原有的一系列质量管理范畴内的好经验、好形式、好办法，使之与ISO9000体系的主旨和要求达到统一，得到提升。既有的放矢，用虚怀若谷的胸怀，查漏补缺，解决不符合质量要求的问题，又要实事求是，从实际出发，体现烟草行业的特点和企业的现状，稳步推进，积极稳妥。
（四）建立长效机制。导入ISO9000体系是一项长期的系统工程，对我们的各项管理提出了更高的要求。为保证体系的实施效果，我们必须立足长远，围绕体系的运作要求,对企业内部的岗位设置、人员管理、效益分配和企业运作程序进行长期规划,建立起长久、有效的推行机制和管理机制，以加强对体系实施过程的有效控制。
同时，导入ISO9000体系应该与企业的内部管理相辅相成，互相促进。一方面作为企业整体管理的一个有机组成部分，导入ISO9000体系要和企业整体管理的目标相一致,服从和服务于企业管理大局。另一方面,企业管理要为导入ISO9000体系提供必要的条件和保障。要把各项工作具体到岗位，明确到人员，做到有标准可依，有据可查，功过分明，奖惩到位，为企业持续发展提供强劲的推动力。