高新技术企业认定申请工作概括起来大致分为四部分：明晰规定，熟悉程序，完善材料，网上操作。其中明晰规定是指申请企业应当认真研读《认定办法》、《工作指引》，结合自身情况认真加以对照，作出是否符合要求或努力方向的准确判断。熟悉程序是指申请企业对高新技术企业的认定与享受税收优惠的程序要清楚明了，不走弯路。完善材料是指申请企业在认为自己符合认定要求后，要对申请材料进行认真准备，力求完美。网上操作是指高新技术企业的认定工作已有改变，不再是层级上报材料，而是直接在网上申请和提交材料。
高新技术企业认定程序有五个环节，包括自我评价、注册登记、准备并提交材料、组织审查与认定、公示及颁发证书。申请企业要完成的是前三项，其中材料准备是重要的一项工作。《工作指引》二(3)列举了需要提交的材料种类，包括认定申请书，两个鉴证报告(近三个会计年度研究开发费用鉴证报告、近三个会计年度的财务报表鉴证报告含资产负债表、利润及利润分配表、现金流量表)(实际年限不足三年的按实际经营年限)，一个审计报告(近一个会计年度高新技术产品(服务)收入专项审计报告)，以及技术创新活动证明材料。
根据《工作指引》规定，企业申请高新技术企业的认定申请书由《企业基本信息表》、《企业研究开发项目表》、《上年度高新技术产品(服务)情况表》、《近三年内获得自主知识产权汇总表》、《企业年度研究开发费用结构明细表》五种表格组成，在填表时要注意所有的财务数据都来自专项审计报告，要和鉴证报告、审计报告完全一致。其中《企业基本信息表》中“近三年内获得的自主知识产权数”一栏所填内容，应与技术创新活动证明材料一一对应并完全吻合;“人力资源情况”栏要注意两个比例要求，即大专以上学历的科技人员要占(申请)当年职工总数30%以上，研发人员占职工人数10%以上;