化粪池的清掏周期与粪便污水温度、气温、建筑物性质及排水水质、水量有关。清掏周期过短，则化粪池粪液浓度过高，与实际清掏周期差距过大，影响正常发酵和污水处理效果，甚至造成粪液漫溢，影响环境卫生。
运输过程中产生二次污染。吸粪车的滴洒泄漏使臭气蔓延。如果粪渣无出路，会发生清掏者随意倾倒，粪渣的较终处置引起再次污染。
大部分化粪池很难做到定期清掏, 有的甚至十几年从不清掏, 等到粪便溢漏才清理。因此, 造成大部分化粪池沦为“过流池”, 粪便几乎不经任何处理就排入下水道。
三格比例：一池和二池体积不同，对寄生虫卵沉淀效果有一定影响。如果一池容积太小，粪便存放时间短，达不到粪便分解沉淀的目的，粪便和鸡蛋可能进入二池，增加二池的负担，容易造成粪便管堵塞。如果二池容积相对较小，粪便在二池停留时间较短，粪便无害化处理效果较差。
粪肥穿越管位置：粪肥穿越管的安装位置与粪肥流向、流程长度、是否有利于厌氧处理、是否能有效阻挡粪肥皮和粪肥残渣、维持一、二池有效容积有关。新鲜粪肥进入粪坑后，在上层集中形成粪皮，然后逐渐疏松崩解，以较大的比重下沉形成粪渣，粪皮与粪渣之间为稀粪液。