经过化粪池的酸性发酵后，其出水呈酸性，酸性污水对城市下水道有腐蚀作用。
厌氧过程产生恶臭气体，造成周围空气质量恶化，尤其在清掏过程中，恶臭气体可影响数百米远。而且容易滋生蚊蝇等，对健康和环境造成极大威胁。
当需要清理厕所时，通常首先想到的是漂白剂。大多数浴室清洁剂都使用这种成分，但是，不是在马桶上使用的好选择。尽管漂白剂可以彻底清洁马桶，但一旦将其冲洗到化粪池清理系统中，它将开始消灭化粪池需要旺盛繁殖的。对于不会在化粪池系统上起作用的天然马桶清洁剂，请尝试用1/4杯小苏打和1/4杯醋进行清理。
寄生虫卵一般集中在粪皮和粪渣中。所以粪管要放在寄生虫卵少的中间粪液里。过粪管应倾斜安装在两个隔墙上：一池至二池的过粪管下端位于一池的下三分之一处，上端距二池顶部约100mm从二个池塘到三个池塘的粪肥，输送管的下端位于二个池塘的下三分之一或中间一半处，上端距离三个池塘的顶部约100。粪便通过管和隔墙之间的水平角度应为60。
仪器检查化粪池是否有有毒气体。在没有气体的情况下，组织车辆泵送化粪池内的漂浮物，用污水泵泵送漂浮物，然后从化粪池排出水。
在二级处理中，用高压清洗车稀释沉积的粪便和污泥，释放化粪池底部隐藏的气体，排出化粪池中的污水，再次检测化粪池是否含有有毒气体。