运输过程中产生二次污染。吸粪车的滴洒泄漏使臭气蔓延。如果粪渣无出路，会发生清掏者随意倾倒，粪渣的较终处置引起再次污染。
大部分化粪池很难做到定期清掏, 有的甚至十几年从不清掏, 等到粪便溢漏才清理。因此, 造成大部分化粪池沦为“过流池”, 粪便几乎不经任何处理就排入下水道。
粪肥穿越管位置：粪肥穿越管的安装位置与粪肥流向、流程长度、是否有利于厌氧处理、是否能有效阻挡粪肥皮和粪肥残渣、维持一、二池有效容积有关。新鲜粪肥进入粪坑后，在上层集中形成粪皮，然后逐渐疏松崩解，以较大的比重下沉形成粪渣，粪皮与粪渣之间为稀粪液。
寄生虫卵一般集中在粪皮和粪渣中。所以粪管要放在寄生虫卵少的中间粪液里。过粪管应倾斜安装在两个隔墙上：一池至二池的过粪管下端位于一池的下三分之一处，上端距二池顶部约100mm从二个池塘到三个池塘的粪肥，输送管的下端位于二个池塘的下三分之一或中间一半处，上端距离三个池塘的顶部约100。粪便通过管和隔墙之间的水平角度应为60。
仪器检查化粪池是否有有毒气体。在没有气体的情况下，组织车辆泵送化粪池内的漂浮物，用污水泵泵送漂浮物，然后从化粪池排出水。
在二级处理中，用高压清洗车稀释沉积的粪便和污泥，释放化粪池底部隐藏的气体，排出化粪池中的污水，再次检测化粪池是否含有有毒气体。