运输过程中产生二次污染。吸粪车的滴洒泄漏使臭气蔓延。如果粪渣无出路，会发生清掏者随意倾倒，粪渣的较终处置引起再次污染。
大部分化粪池很难做到定期清掏, 有的甚至十几年从不清掏, 等到粪便溢漏才清理。因此, 造成大部分化粪池沦为“过流池”, 粪便几乎不经任何处理就排入下水道。
经过化粪池的酸性发酵后，其出水呈酸性，酸性污水对城市下水道有腐蚀作用。
当需要清理厕所时，通常首先想到的是漂白剂。大多数浴室清洁剂都使用这种成分，但是，不是在马桶上使用的好选择。尽管漂白剂可以彻底清洁马桶，但一旦将其冲洗到化粪池清理系统中，它将开始消灭化粪池需要旺盛繁殖的。对于不会在化粪池系统上起作用的天然马桶清洁剂，请尝试用1/4杯小苏打和1/4杯醋进行清理。
为了使化粪池系统持久耐用，需要分解冲入其中的废物。加快固体降解并增加水箱中数量的一种方法是，将1/2杯干烘烤酵母冲到马桶上。酵母能促进系统所需的生长，并能分解正在慢慢充满化粪池的废物。
粪肥穿越管位置：粪肥穿越管的安装位置与粪肥流向、流程长度、是否有利于厌氧处理、是否能有效阻挡粪肥皮和粪肥残渣、维持一、二池有效容积有关。新鲜粪肥进入粪坑后，在上层集中形成粪皮，然后逐渐疏松崩解，以较大的比重下沉形成粪渣，粪皮与粪渣之间为稀粪液。