运输过程中产生二次污染。吸粪车的滴洒泄漏使臭气蔓延。如果粪渣无出路，会发生清掏者随意倾倒，粪渣的较终处置引起再次污染。
大部分化粪池很难做到定期清掏, 有的甚至十几年从不清掏, 等到粪便溢漏才清理。因此, 造成大部分化粪池沦为“过流池”, 粪便几乎不经任何处理就排入下水道。
实践证明：清掏周期的取定，应兼顾污水处理效果、建设造价、管理三个方面因素清掏周期一般不宜少于12 个月。上元门水厂宿舍区平房群共用化粪池，使用人数200人，生活污水标准每人30L/d，污泥量每人0.4L/d，进入化粪池新鲜污泥含水率取95%，发酵后污泥含水率取90%，设计清掏周期选取12个月，经计算化粪池容积为21m3。
为了使化粪池系统持久耐用，需要分解冲入其中的废物。加快固体降解并增加水箱中数量的一种方法是，将1/2杯干烘烤酵母冲到马桶上。酵母能促进系统所需的生长，并能分解正在慢慢充满化粪池的废物。
化粪池清理的具体流程
1.用铁钩打开化粪池盖板，然后用长竹竿(8m)搅动化粪池内的杂物粘结层。
2.将真空吸粪车开到工地，将吸粪软管(长5米，3根)放入化粪池。
3.启动吸粪车的开关，将粪污吸出，直到化粪池中的溶粪块基本吸出，防止作业现场和路人的衣服弄脏。
4.盖上化粪池的井盖，用清水冲洗作业现场和所有工具。
5.化粪池一般一年布置一次，但要看化粪池的应用状况。如果用量大，需要缩短布置时间，否则会形成溢流槽。90%的一级池清理运输，75%的二级池清理运输，三级池的硬质外观完全清理运输。
6、整理后，目视井内无产品漂浮，清理出入口，防止污水溢出地面。