微生物实验室主要是对微生物的分离、培养、育种、鉴别、形态、变异、利用、危害等方面进行实验和研究，食品微生物实验室主要检测项目有：酵母、乳酸菌、双歧杆菌、罐头商业无菌、菌落总数、大肠菌群、霉菌、致病菌（如沙门氏菌、志贺氏菌、溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌等），应该将实验室建在远离生活区，清洁安静的场所；要与生产加工车间较近的距离，方便扦样与检验。
实验室墙壁、天花板和地板光滑、易清洁、防渗漏并耐化学品和剂的腐蚀；实验台面防水，并可耐剂、酸、碱、有机溶剂和中等热度。 整个实验室通过科学设计，精心施工，使实验室内形成坚固、无缝、平滑、美观、不反光、不积尘、不生锈、防潮、、性能优良的无菌表面和内壳。
必须安装独立的通风空调系统以控制实验室气流方向和压强梯度。该系统必须确保实验室使用时，室内空气除通过排风管道经过滤排出外，不得从实验室的其他部位或缝隙排向室外；同时确保实验室内的气流由“清洁”区域流向“污染”区域。进风口和排风口的布局应使实验区内的死空间降低到zui小程度。
通风空调系统为直排系统，不得采用部分回风系统。实验室的进风应经初、中、三级过滤。
实验室的排风必须经过滤或加其他方法处理后，以不低于12m/s的速度直接向空中排放。该排风口应远离系统进风口位置。处理后的排风也可排入建筑物的排风管道，但不得被送回到该建筑物的任何部位。