微生物实验室主要是对微生物的分离、培养、育种、鉴别、形态、变异、利用、危害等方面进行实验和研究，食品微生物实验室主要检测项目有：酵母、乳酸菌、双歧杆菌、罐头商业无菌、菌落总数、大肠菌群、霉菌、致病菌（如沙门氏菌、志贺氏菌、溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌等），应该将实验室建在远离生活区，清洁安静的场所；要与生产加工车间较近的距离，方便扦样与检验。
生物实验室由主功能实验室与其他实验室及辅助功能用房组成。生物实验室必须保证人身、环境、废弃物和样本，能长期而地运行，同时还为需要实验室工作人员提供一个舒适、而良好的工作环境。
无菌间使用要求：
1、无菌间通向外面的窗户应为双层玻璃，并要密封，不得随意打开，并设有与无菌间大小相应的缓冲间及推拉门，另设有0.5-0.7平方米的小窗，以备进入无菌间后传递物品。
2、无菌间内应保持清洁，工作后用2%-3%煤酚皂溶液，擦拭工作台面，不得存放与实验无关的物品。
3、无菌间使用前后应将门关紧，打开紫外灯，如采用室内悬吊紫外灯时，需30W紫外灯，距离在1.0m处，照射时间不少于30min，使用紫外灯，应注意不得直接在紫外线下操作，也可以用雾化过氧化氢设备，法国欧菲姆设备实用，便捷。
4、处理和接种食品标本时，进入无菌间操作，不得随意出入，如需要传递物品，可通过小窗传递。
5、在无菌间内如需要安装空调时，则应有过滤装置。
必须安装独立的通风空调系统以控制实验室气流方向和压强梯度。该系统必须确保实验室使用时，室内空气除通过排风管道经过滤排出外，不得从实验室的其他部位或缝隙排向室外；同时确保实验室内的气流由“清洁”区域流向“污染”区域。进风口和排风口的布局应使实验区内的死空间降低到zui小程度。