微生物实验室主洁净实验室自成一区，安排在实验室的靠边角落处。用密封门限制人员的进出，把有洁净要求的房间设置在人员干扰少的地方，把辅助房间设置在外部。考虑微生物试验操作流程，把检测室与洗刷室和培养室相邻，方便人流与物流的分离。
彩钢板的三维连接处使用三维接点过度，而彩钢板与墙角地面则用铝合金槽连接。吊顶材料亦为彩钢板。微生物检测室地面为环氧树脂材料，具有无缝隙、耐腐蚀、平整、容易清洗的特征。地面地脚线用阴角铝材装饰，美观且严密性好。
1.接种时必须穿工作服、戴工作帽。
2.进行接种食品样品时，必须穿专用的工作服、帽及拖鞋，应放在无菌室缓冲间，工作前经紫外线后使用。
3.接种食品样品时，应在进无菌室前用肥皂洗手，然后用75％酒精棉球将手擦干净。
4.进行接种所用的吸管，平皿及培养基等必须经，打开包装未使用完的器皿，不能放置后再使用，金属用具应高压或用95%酒精点燃烧灼三次后使用。
5.从包装中取出吸管时，吸管尖部不能触及外露部位，使用吸管接种于试管或平皿时，吸管尖不得触及试管或平皿边。
6.接种样品、转种必须在酒精灯前操作，接种或样品时，吸管从包装中取出后及打开试管塞都要通过火焰。
7.接种环和针在接种前应经火焰烧灼全部金属丝，必要时还要烧到环和针与杆的连接处，接种结核菌和烈性菌的接种环应在沸水中煮沸5min，再经火焰烧灼。
8.吸管吸取菌液或样品时，应用相应的橡皮头吸取，不得直接用口吸。
环境参数：相对于实验室外部，实验室内部保持负压。实验间的相对压强以－30Pa～－40Pa为宜，缓冲间的相对压强以－15Pa～－20Pa为宜。实验室内的温、湿度以控制在人体舒适范围为宜，或根据工艺要求而定。实验室内的空气洁净度以GB 50073—2001《洁净厂房设计规范》中所定义的七级至八级为宜。实验室人工照明应均匀，不眩目，照度不低于500lx。