为控制人员的出入（人流），只设有一个密封门进入微生物实验室主洁净区，操作人员进入物流走廊然后进入准备间，并从准备间分别经过一更、缓冲进入操作区；经过更衣、风淋、缓冲进入局部百级实验室。物流则由六个传递窗实现。
整个平面布局完全能够满足国家相关规范及实验室使用的要求，充分利用了空间，按照实验操作流程配备了各种功能的房间，操作线路方便快捷。
实验室墙壁、天花板和地板光滑、易清洁、防渗漏并耐化学品和剂的腐蚀；实验台面防水，并可耐剂、酸、碱、有机溶剂和中等热度。 整个实验室通过科学设计，精心施工，使实验室内形成坚固、无缝、平滑、美观、不反光、不积尘、不生锈、防潮、、性能优良的无菌表面和内壳。
无菌间使用要求：
1、无菌间通向外面的窗户应为双层玻璃，并要密封，不得随意打开，并设有与无菌间大小相应的缓冲间及推拉门，另设有0.5-0.7平方米的小窗，以备进入无菌间后传递物品。
2、无菌间内应保持清洁，工作后用2%-3%煤酚皂溶液，擦拭工作台面，不得存放与实验无关的物品。
3、无菌间使用前后应将门关紧，打开紫外灯，如采用室内悬吊紫外灯时，需30W紫外灯，距离在1.0m处，照射时间不少于30min，使用紫外灯，应注意不得直接在紫外线下操作，也可以用雾化过氧化氢设备，法国欧菲姆设备实用，便捷。
4、处理和接种食品标本时，进入无菌间操作，不得随意出入，如需要传递物品，可通过小窗传递。
5、在无菌间内如需要安装空调时，则应有过滤装置。
微生物实验室由准备室、洗涤室、室、无菌室、恒温培养室和普通实验室六部分组成。较完善的微生物实验室一般应具备无菌实验室、净化实验室、实验室等，净化实验室应采用封闭过滤，通风方式、吊顶、隔墙、围护全部采用彩钢板，地面作环氧树脂自流平处理，并设置非净化区、更衣区、净化区。