微生物实验室自成一区，与其他实验室分开，门口设有门禁，只有相关人员刷卡后才能进入。微生物实验室面积310㎡，设有一间局部百级的检测室，一间检测室，一间致病菌检测室，一间洗刷室，一间霉菌培养室，一间培养室，一间微生物仪器鉴定室，一间培养基制备室，一间菌种保存室。
为控制人员的出入（人流），只设有一个密封门进入微生物实验室主洁净区，操作人员进入物流走廊然后进入准备间，并从准备间分别经过一更、缓冲进入操作区；经过更衣、风淋、缓冲进入局部百级实验室。物流则由六个传递窗实现。
整个平面布局完全能够满足国家相关规范及实验室使用的要求，充分利用了空间，按照实验操作流程配备了各种功能的房间，操作线路方便快捷。
净化空调系统能够做到控制实验室内温度、尘埃、、有害气体的浓度和气流分布，保证室内人员所需新风量和室内合理的气流流向，并能维持整个食品微生物实验室合适的梯度压力和定向流动，实现“无菌环境保障体系”的目的，减少实验全过程中一切潜在的感染危险。
微生物实验室由准备室、洗涤室、室、无菌室、恒温培养室和普通实验室六部分组成。较完善的微生物实验室一般应具备无菌实验室、净化实验室、实验室等，净化实验室应采用封闭过滤，通风方式、吊顶、隔墙、围护全部采用彩钢板，地面作环氧树脂自流平处理，并设置非净化区、更衣区、净化区。