微生物实验室自成一区，与其他实验室分开，门口设有门禁，只有相关人员刷卡后才能进入。微生物实验室面积310㎡，设有一间局部百级的检测室，一间检测室，一间致病菌检测室，一间洗刷室，一间霉菌培养室，一间培养室，一间微生物仪器鉴定室，一间培养基制备室，一间菌种保存室。
无菌间使用要求：
1、无菌间通向外面的窗户应为双层玻璃，并要密封，不得随意打开，并设有与无菌间大小相应的缓冲间及推拉门，另设有0.5-0.7平方米的小窗，以备进入无菌间后传递物品。
2、无菌间内应保持清洁，工作后用2%-3%煤酚皂溶液，擦拭工作台面，不得存放与实验无关的物品。
3、无菌间使用前后应将门关紧，打开紫外灯，如采用室内悬吊紫外灯时，需30W紫外灯，距离在1.0m处，照射时间不少于30min，使用紫外灯，应注意不得直接在紫外线下操作，也可以用雾化过氧化氢设备，法国欧菲姆设备实用，便捷。
4、处理和接种食品标本时，进入无菌间操作，不得随意出入，如需要传递物品，可通过小窗传递。
5、在无菌间内如需要安装空调时，则应有过滤装置。
必须安装独立的通风空调系统以控制实验室气流方向和压强梯度。该系统必须确保实验室使用时，室内空气除通过排风管道经过滤排出外，不得从实验室的其他部位或缝隙排向室外；同时确保实验室内的气流由“清洁”区域流向“污染”区域。进风口和排风口的布局应使实验区内的死空间降低到zui小程度。
通风空调系统为直排系统，不得采用部分回风系统。实验室的进风应经初、中、三级过滤。
实验室的排风必须经过滤或加其他方法处理后，以不低于12m/s的速度直接向空中排放。该排风口应远离系统进风口位置。处理后的排风也可排入建筑物的排风管道，但不得被送回到该建筑物的任何部位。