微生物实验室主洁净实验室自成一区，安排在实验室的靠边角落处。用密封门限制人员的进出，把有洁净要求的房间设置在人员干扰少的地方，把辅助房间设置在外部。考虑微生物试验操作流程，把检测室与洗刷室和培养室相邻，方便人流与物流的分离。
1.接种时必须穿工作服、戴工作帽。
2.进行接种食品样品时，必须穿专用的工作服、帽及拖鞋，应放在无菌室缓冲间，工作前经紫外线后使用。
3.接种食品样品时，应在进无菌室前用肥皂洗手，然后用75％酒精棉球将手擦干净。
4.进行接种所用的吸管，平皿及培养基等必须经，打开包装未使用完的器皿，不能放置后再使用，金属用具应高压或用95%酒精点燃烧灼三次后使用。
5.从包装中取出吸管时，吸管尖部不能触及外露部位，使用吸管接种于试管或平皿时，吸管尖不得触及试管或平皿边。
6.接种样品、转种必须在酒精灯前操作，接种或样品时，吸管从包装中取出后及打开试管塞都要通过火焰。
7.接种环和针在接种前应经火焰烧灼全部金属丝，必要时还要烧到环和针与杆的连接处，接种结核菌和烈性菌的接种环应在沸水中煮沸5min，再经火焰烧灼。
8.吸管吸取菌液或样品时，应用相应的橡皮头吸取，不得直接用口吸。
微生物实验室由准备室、洗涤室、室、无菌室、恒温培养室和普通实验室六部分组成。较完善的微生物实验室一般应具备无菌实验室、净化实验室、实验室等，净化实验室应采用封闭过滤，通风方式、吊顶、隔墙、围护全部采用彩钢板，地面作环氧树脂自流平处理，并设置非净化区、更衣区、净化区。
为确保实验室内的气流由“清洁”区域流向“污染”区域，实验室内不应使用双侧均匀分布的排风口布局。不应采用上送上排的通风设计。由生物柜排出的经内部过滤的空气可通过系统的排风管直接排至大气，也可送入建筑物的排风系统。应确保生物柜与排风系统的压力平衡。