微生物实验室自成一区，与其他实验室分开，门口设有门禁，只有相关人员刷卡后才能进入。微生物实验室面积310㎡，设有一间局部百级的检测室，一间检测室，一间致病菌检测室，一间洗刷室，一间霉菌培养室，一间培养室，一间微生物仪器鉴定室，一间培养基制备室，一间菌种保存室。
根据中华人民共和国卫生行业标准WS233-2002《微生物和生物医学实验室通用准则》以及国家标准GB19489-2004《实验室生物通用要求》，生物实验室分为一级、二级、三级、四级，习惯上称为P1、P2、P3、P4。二级生物实验室对人体、动植物或环境具有中等危害或具有潜在致病因子，对健康成人、动物和环境不会造成严重危害，具有有效的预防和措施。
净化空调系统能够做到控制实验室内温度、尘埃、、有害气体的浓度和气流分布，保证室内人员所需新风量和室内合理的气流流向，并能维持整个食品微生物实验室合适的梯度压力和定向流动，实现“无菌环境保障体系”的目的，减少实验全过程中一切潜在的感染危险。
环境参数：相对于实验室外部，实验室内部保持负压。实验间的相对压强以－30Pa～－40Pa为宜，缓冲间的相对压强以－15Pa～－20Pa为宜。实验室内的温、湿度以控制在人体舒适范围为宜，或根据工艺要求而定。实验室内的空气洁净度以GB 50073—2001《洁净厂房设计规范》中所定义的七级至八级为宜。实验室人工照明应均匀，不眩目，照度不低于500lx。