无菌车间内空气的流动有两种情况：一种是层流的(即室内一切悬浮粒子都保持在层流层中运动);另一种是非层流的(即室内空气的流动是紊流的)。装有一般空调系统的洁净室，室内空气的流动属于非层流(紊流)，既可使空气中夹带的混悬粒子迅速混合，也可使室内静止的微粒重新飞扬，部分空气还可出现停滞状态。
1、进入无尘无菌车间管理，包括对无尘无菌车间工作人员进入、物料进入、各类设备的搬入以及相关的设备、管线的维护管理，应做到不得将微粒、微生物带入无尘无菌车间。
2、操作管理技术，对无尘无菌车间内人员用洁净工作服的制作、穿着和清洗;操作人员的移动和动作;室内设备及装修材料的选择和清扫、灭茵等，尽可能地减少、防止无尘无菌车间内尘粒、微生物的产生、滞留、繁殖等。
3、严格各类设备、设施的维护管理，制定相应的操作规程，保证各类设备、设施按要求正常运转，包括净化空调系统、各类水气电系统、生产工艺设备和工器具(工装夹具)等。以确保产品生产工艺要求和空气洁净度等级。
4、清扫、管理，对无尘无菌车间内的各类设备、设施的清扫、灭茵以及方法、周期和检查作明确的规定，防止、捎除无尘无菌车间内尘粒、微生物的产生、滞留、繁殖。
5、无尘无菌车间环境控制的内容包括：空气净化、洁净建筑、与产品直接接触的水或气体或化学品和生产设备、工器具等的污染物控制以及微振动、噪声、静电的控制、防止等。
风淋室是现代工业洁净厂房中必不可少的洁净配套设备，它能去除人和物表面的尘埃，同时又对风淋室两侧的洁净区和非洁净区起到了缓冲与隔离的作用。该设备广泛应用于食品、医药、生物工程及精密电子等领域。风淋室分为"普通型和联锁型"两类:普通型采用手动启动吹淋的控制方式，个别操作者会选择"不经过吹淋就离开"的逃避方式。这使得洁净区的空气洁净度难以保证。甚至可能会影响到产品质量。
无菌无尘车间对生产过程产生重要影响室内生产环境是制约工业生产，特别是高科技生产能否进行的关键因素之一。例如，在微电子行业的芯片生产过程中，对微粒的控制要达到分子级，否则生产就无法进行，或者生产出次品；在素的生产环境中，如果存在某些微生物，生产就不能正常进行。