运输过程中产生二次污染。吸粪车的滴洒泄漏使臭气蔓延。如果粪渣无出路，会发生清掏者随意倾倒，粪渣的较终处置引起再次污染。
大部分化粪池很难做到定期清掏, 有的甚至十几年从不清掏, 等到粪便溢漏才清理。因此, 造成大部分化粪池沦为“过流池”, 粪便几乎不经任何处理就排入下水道。
经过化粪池的酸性发酵后，其出水呈酸性，酸性污水对城市下水道有腐蚀作用。
厌氧过程产生恶臭气体，造成周围空气质量恶化，尤其在清掏过程中，恶臭气体可影响数百米远。而且容易滋生蚊蝇等，对健康和环境造成极大威胁。
一、二池有效容积：应根据用户数量和粪便储存发酵所需时间确定，达到无害化。一般要求一、二池的有效容积要保证粪便能在其中停留30天，在第三池停留30天。
每人每天大小便的排泄量约为1.5L，节水型座便器的冲水量可按2计算。因此一和二池塘的较小计算容积不能小于3.5升.三个池的容量取决于服务周期，通常不小于一个和二个池的总和。如果是抽水马桶，化粪池的容积可以适当加大。
角色：
(1)保证生活小区的环境卫生，避免生活污水和污染物在生活环境中扩散。
(2)在厌氧化粪池工作环境中杀灭蚊蝇卵。
(3)污泥的暂存、有机污泥的厌氧腐烂、熟化的有机污泥可作为农用肥料。
(4)生活污水预处理(一级处理)，杂质沉淀，大分子有机物水解成酸、醇等小分子有机物，后续污水处理的改进。