经过化粪池的酸性发酵后，其出水呈酸性，酸性污水对城市下水道有腐蚀作用。
厌氧过程产生恶臭气体，造成周围空气质量恶化，尤其在清掏过程中，恶臭气体可影响数百米远。而且容易滋生蚊蝇等，对健康和环境造成极大威胁。
三格比例：一池和二池体积不同，对寄生虫卵沉淀效果有一定影响。如果一池容积太小，粪便存放时间短，达不到粪便分解沉淀的目的，粪便和鸡蛋可能进入二池，增加二池的负担，容易造成粪便管堵塞。如果二池容积相对较小，粪便在二池停留时间较短，粪便无害化处理效果较差。
化学清洗是一种依靠化学反应，使用化学物质或其他溶剂去除物体表面污垢的方法。比如用各种无机或有机酸去除物体表面的铁锈和氧化皮，用氧化剂去除物体表面的色斑。化学试剂是用来通过与表面污染或覆盖层(如水垢层)发生化学反应来去除表面污染或覆盖层的，如水垢层的酸洗和碱洗。
为了在化学清洗过程中保护基底免受腐蚀或将腐蚀速率控制在允许范围内，通常需要向化学清洗溶液中加入适量的缓蚀剂和具有活化、渗透和润湿功能的添加剂。方法：浸泡法、循环法和操作中的清洗法也称不停车化学清洗法。