经过三个多月的厌氧消化，污泥中的有机物分解为稳定的无机物，易腐生污泥转化为稳定的熟污泥，改变了污泥的结构，降低了污泥的含水量。定期清理和运输污泥进行填埋或用作肥料。
可以说化粪池变废为宝，但在日常生活中，化粪池里总会堆积一些废物，无法完全分解。这时候化粪池时间长了会堵，不及时处理会污染环境。
经过化粪池的酸性发酵后，其出水呈酸性，酸性污水对城市下水道有腐蚀作用。
厌氧过程产生恶臭气体，造成周围空气质量恶化，尤其在清掏过程中，恶臭气体可影响数百米远。而且容易滋生蚊蝇等，对健康和环境造成极大威胁。
化粪池清理，一件事就是打开井盖，让新鲜空气进入管道一段时间，真的不好。需要提前一段时间考虑使用大功率通风设备向管道供气。另外，井下作业人员下钻时腰部要系好绳，做好必要时的应急救援准备。如果条件允许，他们还应该准备一整套防污染的橡胶服，以大限度地减少对工人的伤害。深层地下作业也必须佩戴防毒面具进行准备。此外，还有其他清洁任务，可以做到及时、清洁、彻底，不会对环境造成二次污染。
为了在化学清洗过程中保护基底免受腐蚀或将腐蚀速率控制在允许范围内，通常需要向化学清洗溶液中加入适量的缓蚀剂和具有活化、渗透和润湿功能的添加剂。方法：浸泡法、循环法和操作中的清洗法也称不停车化学清洗法。