运输过程中产生二次污染。吸粪车的滴洒泄漏使臭气蔓延。如果粪渣无出路，会发生清掏者随意倾倒，粪渣的较终处置引起再次污染。
大部分化粪池很难做到定期清掏, 有的甚至十几年从不清掏, 等到粪便溢漏才清理。因此, 造成大部分化粪池沦为“过流池”, 粪便几乎不经任何处理就排入下水道。
一、二池有效容积：应根据用户数量和粪便储存发酵所需时间确定，达到无害化。一般要求一、二池的有效容积要保证粪便能在其中停留30天，在第三池停留30天。
每人每天大小便的排泄量约为1.5L，节水型座便器的冲水量可按2计算。因此一和二池塘的较小计算容积不能小于3.5升.三个池的容量取决于服务周期，通常不小于一个和二个池的总和。如果是抽水马桶，化粪池的容积可以适当加大。
粪肥穿越管位置：粪肥穿越管的安装位置与粪肥流向、流程长度、是否有利于厌氧处理、是否能有效阻挡粪肥皮和粪肥残渣、维持一、二池有效容积有关。新鲜粪肥进入粪坑后，在上层集中形成粪皮，然后逐渐疏松崩解，以较大的比重下沉形成粪渣，粪皮与粪渣之间为稀粪液。
工作原理：
(1)污水先从进水口排至一格栅，其中沉淀出比重较大的固体物质和寄生虫卵，开始初步发酵分解。一格处理的污水可分为三层：糊状粪皮、相对清澈的粪液和固体粪渣。
(2)初步分解的粪肥流入二个细胞，而漂浮的粪肥皮和沉积的粪肥残渣，留在一个细胞中进行连续发酵。
(3)二格，粪肥继续发酵分解，虫卵继续下沉，病原体逐渐死亡，粪肥进一步无害化，粪肥皮和粪渣厚度较一格明显减少。
(4)流入第三格的粪液已经分解，基本杀死了病菌和寄生虫卵。第三个作用主要是临时储存基本无害的粪便液。