经过三个多月的厌氧消化，污泥中的有机物分解为稳定的无机物，易腐生污泥转化为稳定的熟污泥，改变了污泥的结构，降低了污泥的含水量。定期清理和运输污泥进行填埋或用作肥料。
可以说化粪池变废为宝，但在日常生活中，化粪池里总会堆积一些废物，无法完全分解。这时候化粪池时间长了会堵，不及时处理会污染环境。
运输过程中产生二次污染。吸粪车的滴洒泄漏使臭气蔓延。如果粪渣无出路，会发生清掏者随意倾倒，粪渣的较终处置引起再次污染。
大部分化粪池很难做到定期清掏, 有的甚至十几年从不清掏, 等到粪便溢漏才清理。因此, 造成大部分化粪池沦为“过流池”, 粪便几乎不经任何处理就排入下水道。
清掏周期的取定，应兼顾污水处理效果、建设造价、管理三个方面因素清掏周期一般不宜少于12 个月。上元门水厂宿舍区平房群共用化粪池，使用人数200人，生活污水标准每人30L/d，污泥量每人0.4L/d，进入化粪池新鲜污泥含水率取95%，发酵后污泥含水率取90%，设计清掏周期选取12个月，经计算化粪池容积为21m3。
三格比例：一池和二池体积不同，对寄生虫卵沉淀效果有一定影响。如果一池容积太小，粪便存放时间短，达不到粪便分解沉淀的目的，粪便和鸡蛋可能进入二池，增加二池的负担，容易造成粪便管堵塞。如果二池容积相对较小，粪便在二池停留时间较短，粪便无害化处理效果较差。