运输过程中产生二次污染。吸粪车的滴洒泄漏使臭气蔓延。如果粪渣无出路，会发生清掏者随意倾倒，粪渣的较终处置引起再次污染。
大部分化粪池很难做到定期清掏, 有的甚至十几年从不清掏, 等到粪便溢漏才清理。因此, 造成大部分化粪池沦为“过流池”, 粪便几乎不经任何处理就排入下水道。
三格比例：一池和二池体积不同，对寄生虫卵沉淀效果有一定影响。如果一池容积太小，粪便存放时间短，达不到粪便分解沉淀的目的，粪便和鸡蛋可能进入二池，增加二池的负担，容易造成粪便管堵塞。如果二池容积相对较小，粪便在二池停留时间较短，粪便无害化处理效果较差。
寄生虫卵一般集中在粪皮和粪渣中。所以粪管要放在寄生虫卵少的中间粪液里。过粪管应倾斜安装在两个隔墙上：一池至二池的过粪管下端位于一池的下三分之一处，上端距二池顶部约100mm从二个池塘到三个池塘的粪肥，输送管的下端位于二个池塘的下三分之一或中间一半处，上端距离三个池塘的顶部约100。粪便通过管和隔墙之间的水平角度应为60。
工作原理：
(1)污水先从进水口排至一格栅，其中沉淀出比重较大的固体物质和寄生虫卵，开始初步发酵分解。一格处理的污水可分为三层：糊状粪皮、相对清澈的粪液和固体粪渣。
(2)初步分解的粪肥流入二个细胞，而漂浮的粪肥皮和沉积的粪肥残渣，留在一个细胞中进行连续发酵。
(3)二格，粪肥继续发酵分解，虫卵继续下沉，病原体逐渐死亡，粪肥进一步无害化，粪肥皮和粪渣厚度较一格明显减少。
(4)流入第三格的粪液已经分解，基本杀死了病菌和寄生虫卵。第三个作用主要是临时储存基本无害的粪便液。