经过三个多月的厌氧消化，污泥中的有机物分解为稳定的无机物，易腐生污泥转化为稳定的熟污泥，改变了污泥的结构，降低了污泥的含水量。定期清理和运输污泥进行填埋或用作肥料。
可以说化粪池变废为宝，但在日常生活中，化粪池里总会堆积一些废物，无法完全分解。这时候化粪池时间长了会堵，不及时处理会污染环境。
运输过程中产生二次污染。吸粪车的滴洒泄漏使臭气蔓延。如果粪渣无出路，会发生清掏者随意倾倒，粪渣的较终处置引起再次污染。
大部分化粪池很难做到定期清掏, 有的甚至十几年从不清掏, 等到粪便溢漏才清理。因此, 造成大部分化粪池沦为“过流池”, 粪便几乎不经任何处理就排入下水道。
设计清掏周期过长，则化粪池容积过大，增加造价。《建筑给水排水设计规范》（GBJ15-88）（以下简称《规范》）要求清掏周期为3～12个月，实际设计中多取3～9个月，而酸性发酵阶段的酸性发酵期为3个月，酸性减退期为5个月左右。
工作原理：
(1)污水先从进水口排至一格栅，其中沉淀出比重较大的固体物质和寄生虫卵，开始初步发酵分解。一格处理的污水可分为三层：糊状粪皮、相对清澈的粪液和固体粪渣。
(2)初步分解的粪肥流入二个细胞，而漂浮的粪肥皮和沉积的粪肥残渣，留在一个细胞中进行连续发酵。
(3)二格，粪肥继续发酵分解，虫卵继续下沉，病原体逐渐死亡，粪肥进一步无害化，粪肥皮和粪渣厚度较一格明显减少。
(4)流入第三格的粪液已经分解，基本杀死了病菌和寄生虫卵。第三个作用主要是临时储存基本无害的粪便液。