无菌室内的地面、墙壁必须平整，不易藏污纳垢，便于清洗。工作台的台面应该处于水平状态。无菌室和缓冲间都装有紫外线灯，无菌室的紫外线灯距离工作台面 1 米。工作人员进入无菌室应穿灭过菌的服装，戴帽子。
无菌室空气净化工程是属于生物净化工程的一种，一般无菌室要求的洁净度为万级，标准的微生物检测实验室都会专门开辟5~8个平方出来建造无菌室，无菌室只要够放置实验室样品及必需的设备即可，面积无需过大而造成浪费，面积过大对于做无菌室空气净化工程来说不仅仅是提高建造成本而已，日后的运行及维护费用也会高的令人惊讶。
一般微生物检测按照实验室行业要求都需要在无菌室中进行，很多食品菌、微生物等都是在超净工作台中完成检测和化验的。
随着社会科技发展，国家越来越重视食品问题，无菌室空气净化工程也在不断的普及。有了无菌室净化工程，将超净工作台放置于无菌室内操作，使实验环境更加洁净，实验样品不易于被污染。
无菌室外源性污染源，主要是通过门和无菌室内外通道侵入的室外空气。因此无菌室的布置通常都采用按照工艺操作的关键程度，洁净度的高低由里往外逐级减弱，抵御室外污染空气的侵入。同时为物料和人员进出无菌室设置相应的控制措施，例如物料的气闸、人员的无菌更衣系统以及室内废弃物传递出来的通道等。无菌室内的污染源，主要来自于无菌室内必要的操作人员和部分工艺设备，通常无菌室内操作人员的四周区域是洁净度差的区域，也是无菌技术中重要的控制内容。