茅台酒的酒窖建设也颇有讲究。从窖址选地、窖区走向、空间高度，到窖内温湿度控制、透气性能，以及酒瓮的形式、容量、瓮口泥封的技术等，都极为严格。这些都是关系到成品酒的再熟化、香气纯度再提高的关键。酒窖里每天要有人检查，开关透气孔，控制温湿度。
茅台酒工艺中的三高是指茅台酒生产工艺的高温制曲、高温堆积发酵、高温馏酒。茅台酒大曲在发酵过程中温度高达63℃，比其它任何名白酒的制曲发酵温度都高10－15℃；在整个大曲发酵过程中可优选环境微生物种类，最后形成以耐高温产香的微生物体系，在制曲过程中首先做到了趋利避害之功效。
茅台酒大曲贮存时间长达6个月才能流入制曲生产使用，比其它白酒多存3－4个月，这对提高茅台酒基酒质量具有重要作用，而且大曲用量大，是其它白酒的4－5倍。茅台酒一般需要长达三年以上贮存才能勾兑，通过贮存可趋利避害，使酒体更醇香味美，加上茅台酒高沸点物质丰富，更能体现茅台酒的价值，这是其它香型白酒不具有的特点。
装茅台酒用的酒瓶，最初是用本地生产的缸瓮，从清朝咸丰年间起，改用底小、口小、肚大的陶质坛形酒瓶，有装0.5公斤、1公斤和1.5公斤的型号。后曾一度改为微扁长方形酒瓶。民国四年（1915年）以后，改用圆柱形、体小嘴长的黄色陶质釉瓶。建国后，才改为白色陶瓷瓶和人们见到的乳白色避光玻璃瓶，古色古香，朴实大方。