此外，有一种低压冷藏集装箱与气调冷藏集装箱类似，这种集装箱是将果蔬置于低压环境中进行储运。箱内压力为1333～10666 Pa，相对湿度90%～95%，温度一2℃～+16℃。氧的含量为（0.1±0.03）%，要进行换气，以便限制乙烯和 等有害气体。低压冷藏集装箱由制冷系统、真空系统和动力系统组成。制冷系统用于降低温度；真空系统用于排除箱中的空气和水汽；动力系统用于柴油发电，供集装箱用电。
气调冷藏集装箱具有一般机械式冷藏集装箱的所有制冷功能，同时装有一种气调设备，可以调节和控制箱体内的空气成分，以减弱新鲜果蔬的呼吸强度，从而减缓果蔬的成熟进度，达到保鲜的目的。
气调保鲜的关键是调节和控制货物储存环境中的各种气体的含量。最常见的是用充氮降氧方法来降低环境中的氧气含量，控制乙烯含量，减缓果蔬成熟。气调冷藏集装箱的气密性要求较高，一般要求漏气率不超过2m³/h。
采用气调冷藏集装箱运输具有保鲜效果好、储藏损失少、保鲜期长和对果蔬无任何污染的优点。但由于采用气调设备后，技术要求高，冷藏集装箱价格高，因此使用还不普遍。
耗用冷剂式冷藏集装箱
耗用冷剂式冷藏集装箱泛指各种无须外接电源或燃料供应的冷藏集装箱，包括水冰冷藏集装箱、干冰冷藏集装箱、液氮冷藏集装箱、液体空气冷藏集装箱、液体二氧化碳冷藏集装箱、冷板式冷藏集装箱等。耗用冷剂式冷藏集装箱的特点是在运输过程中，不需要外接电源或燃料供应，无任何运动部件，维修保养要求低。主要缺点是无法实现连续制冷，储冷剂放热和消耗后必须重新充冷或补充，较难实现的温度控制，制冷设备占用空间较大。耗用冷剂式冷藏集装箱主要适用于小型冷藏集装箱的短距离运输。耗用冷剂式冷藏集装箱只在区域性短途冷藏运输中尚有使用，而在国际冷藏运输中已无使用并有逐步被淘汰的趋势。
冷藏集装箱运送冻结货时通常使用温度应不高于-18℃。通常英尺冷冻集装箱，平均降温速度为31.3℃ /h（空箱）；但装货后，由于货物热容量较大，降温速度会大大减慢，有时达到设定温度要求需要15-16h。若进货温度较高，则达到设定温度需要2-3d。