茅台酒工艺被确定为国家机密加以保护。2001年，茅台酒传统工艺列入国家级首批物质文化遗产。2006年，国务院批准将“茅台酒传统酿造工艺”列入首批国家级非物质文化遗产名录，并申报世界非物质文化遗产。2003年2月14日，原国家质检总局批准对“茅台酒”实施原产地域产品保护。2013年3月28日，原国家质检总局批准调整“茅台酒”地理标志产品保护名称和保护范围。
茅台酒工艺中的三高是指茅台酒生产工艺的高温制曲、高温堆积发酵、高温馏酒。茅台酒大曲在发酵过程中温度高达63℃，比其它任何名白酒的制曲发酵温度都高10－15℃；在整个大曲发酵过程中可优选环境微生物种类，最后形成以耐高温产香的微生物体系，在制曲过程中首先做到了趋利避害之功效。
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