①专业医用方案消毒多为50%可湿性粉剂和40%胶悬剂，前者使用更为普遍。无论选用哪一种剂型，都应购买质量可靠、信誉好的正规产品，且出厂后一年内使用为佳。超过一年且仍在有效期内的，可酌情加大剂量。
②拌料时，要严格控制药液浓度，50%可湿性粉剂的一般用量是占干料重量的0.1%，如果用量过大，不仅增加成本，还会影响菌丝生长。
③溶解粉剂时，应注意水量充足、搅拌均匀、溶解完全；拌料时料、药搅拌均匀。
④医用方案消毒在碱性环境中易分解失效，因此拌料时避免同时使用石灰，更不能把多菌灵、石灰制成混合液使用。
⑤医用方案消毒耐高温，在发酵、高压灭菌过程中，不受影响。
⑥医用方案消毒易使杂菌产生抗药性，故应与其他杀菌剂交替使用，增强杀菌效果。
⑦医用方案消毒对毛霉、根霉的防治效果较差，在使用时应适当提高培养料pH，抑制毛霉、根霉的生长。
⑧银耳、木耳、猴头菇对多菌灵特别敏感，栽培中应避免使用。
近年来，随着各地食用菌产业的迅速发展，在消毒剂的研制与生产方面也像雨后春笋一样不断出现，大有替代这些传统的消毒药剂之势，如克霉王、必洁士、净霉灵等，在此不再一一介绍。