公司注销困难的原因如下：
类：1、企业违法，企业将面临的处罚 不按时进行企业信息公示，企业会上工商异常经营名录，并向社会公示。企业不能办理变更、注销、银行开户、开网店、进驻商城等等
2、不按时进行纳税申报，税务部门会对企业进行核查
3、不及时申报税收，税务部门将处滞纳金、罚款，锁定业企业的功能，以后将不能在开长期不进行纳税申报，税务进黑名单，企业将被罚款2千至2万
第二类：企业严重违法 企业连续3年不年报、长期不进行纳税申报，营业执照和税务登记证将被强制吊销，企业法定代表人、股东、董事、监事、经理等人员身份证信息将全部上黑名单，并且以后将不能办理贷款买房买车，不能办理理移民，不能领取养老金，被限制出境，不能再担任其它任何公司的法定代表人、董事、执行董事、经理、监事等职务。