1、选择天然复合型菌种。发酵床内是一个很复杂的生态系统，因而无论是单一菌种还是某一两种单一菌种“机械性”组合结合，均远远不能适应发酵床中不同部位不同季节的温度、湿度、通气性、酸碱度等复杂多变情况，运行三两个月后极易造成菌种大部分甚至全军覆没的“死床”现象，使整个发酵床报废，用户的时间及经济损失惨重，经销商与厂家的信誉大损。做发酵床千万不能急功近利，所谓“复合菌种”，决不能用某几个单一菌种机械相加“复合”了事，要用天然复合菌种，如EM菌，能“相生不相克”，能相互配合协同作战，而机械型复合的菌种可能导致各菌种内部拮抗、冲突、内耗，失败的风险极大。
2、选择活力强大的菌种。实验室制作或土法自制的菌种活力较差而且不稳定，此时行彼时不行，此地行彼地不行，三两个月行而半年一年又不行了，南方行的北方又不行等。因而要选专业厂家例如有15年行业经验具有国家专利的金宝贝发酵床专用菌粉，专业公司生产的菌种经过筛选、提纯、复壮等多道工序，菌种功能强大，且性能长期稳定可靠，操作起来一般不会出现因人而异的情况。菌种的剂型要合适，一般来地说，粉剂固体类菌种例如金宝贝发酵床专用菌粉，其休眠功能极好，活力及抗逆性极强，易于保存和运输，常温下可保存三年以上，做好的床几个月不进动物仍可正常启动，同时粉剂型还可以分批次在不同时间转入活化状态进行工作，只有外界条件合适时才从休眠状态转入活化状态，不会因一时条件不适合发酵而导致菌种死亡。
3、选择操作简单的菌种。如果做床太繁琐、太麻烦，一是时间上耗不起，成本高昂，而且易出错;二是不便于学习和推广传播，不便于经销。用发酵菌种制作发酵床只需要发酵床菌种和垫料，无须其他，只要将菌种按1：5的比例加上麸皮或玉米粉、米糠，不加水混合均匀，再均匀干式撒入垫料中，将垫料铺到50厘米即可，操作真正“傻瓜化”，极易成功，不易失败，也便于经销商代理商进行推广。
4、选择临床实践长的菌种。要问厂家何时进入这个行业，没个五年临床实践经验只能算凑热闹不能算入门了，质量稳定更是大问号。在选用一种产品之前先了解一下这个厂家的产品有多少用户，有哪些经销代理商。一般来说，用户越多且分布越广的产品代表性越强，用起来越安全;经销代理商越多、口碑越好的，这个产品越可靠。不象西瓜或口香糖饼干之类的消费品，一吃便知优劣，发酵床产品及相关技术一般要经几年示范推广才能下结论，要经得起市场以及时间的考验，所以选择发酵床产品时不能贪图一时便宜，一定应该谨慎行事，避免受到重大损失。
5、选择媒体报道过的菌种。真正好的技术和产品总会很快为广大用户所了解，发酵床养殖技术也不例外，而真正的好产品口碑自然不会坏，媒体也会正面进行宣传报道。如果报刊杂志上网站等各种媒体的广告宣传均见不到，向用户或一般百姓打听均说没听见过的，那么，这个厂家或产品可能是新的或很一般的。当然也不能片面听信某些非法小报刊杂志的夸大或欺骗性的宣传，应注意甑别，要选择一些口碑较好影响力较大的媒体来了解这一技术与产品。
6、选择总成本投入的。发酵床的成本包括发酵菌种成本和有机垫料成本，有的技术还包括使用过程的维护成本，选择某项产品时要考虑综合成本，所以不要只听某菌种单价，有的菌种可能不要花钱，但自行生产或制作的时间及成本费用远远高于选购专业菌种。发酵床的制作总成本包括很多方面，应综合计算，如菌种的单价、每平方米的用量、每克有效功能活菌数、菌种的存活时间与添补周期、垫料的易得性与成本费用，配合辅料的种类数量与费用金额、营养液的成本、日常维护的繁简性及费用成本、人工成本、失败风险成本等。有的菌种单价很便宜，但各种营养液、氨基酸、添加剂以及过多过厚的垫料、辅料等等，操作繁琐且不说，其总成本早已让用户不堪重负。在同等品质的情况下，总成本越低、操作越简单的发酵床菌种更具优势。其专业菌种活性强，制作与日常维护均极其简单，无须辅料无需其他营养液，而且养猪垫料只需60--80厘米，鸡鸭鹅等仅需40厘米厚，而金宝贝发酵床总成本低而其性价比远优于同类产品，寿命长达3年以上，金宝贝干撒式发酵床是值得用户或经销商信赖的专业品牌。