冷库系统方面，生物制药企业的冷库必须保证成品的储存条件，制冷剂一般设计有两套切换使用，也相当于有一用一备以确保物料的安全，物料的转移作为备用方案。
洁净室墙体厚度的决定也可通过风险分析来定义，洁净窗采用单层还是双层需根据具体要求采用。虽然废水处理系统是无影响系统，但也会造成生产废水无法及时排放而影响生产业务。
生物药厂工程设计也要包括以下几个方面。
第一，工厂总图设计。在厂址确定之后，涉及厂区各区域的划分和布局、车间和其他设施的组成和布局、运输系统的布局，厂区管线(物料、水、电汽、气等)的布局、绿化布局、远期发展、布局规划等。
第二，洁净室空调工艺设计。涉及工艺流程、设备选购、生产能力估算、劳动定员和生产班制、车间水、电汽(气)、冷公用工程量的估算、管道计算和设计、设计说明书的编写、概预算的编写、此外还要对其他专业提出要求。
第三，其他设计。采暖通风、供热、供电(照明和动力)、供汽(气)、弱电、火灾报警、自控仪表、工程经济、总图运输、管道等。
用培养皿沉降菌，用碰撞式采样器或过滤采样器测定游浮菌，还应遵守以下规定：
１、采样装置采样前的准备及采样后的处理，均应在设游高效空气过滤器排风的负压实验室进行操作，该实验室的温度应为２２±２℃；相对湿度为５０％±１０％；
２、采样仪器应消毒灭菌；
３、采样器选择应审核其精度和效率，并有合格证书；
４、采样装置的排气不应污染洁净室；
５、沉降皿个数及采样点、培养基及培养温度、培养时间应按有关规范的规定执行；
６、洁净室浮游菌采样器的采样率宜大于１００Ｌ／min；
７、碰撞培养基的空气速度应小于２０m/s。
风量罩罩体与风口尺寸相差较大时会造成较大的测量误差，所以需要用尺寸相近的罩体进行测量。根据待测风口的尺寸、面积，选择与风口的面积较接近的风量罩罩体，且罩体的长边长度不得超过风口的长边长度的3倍；风口的面积不应小于罩体边界面积的15%，选择合适的罩体后，打开测量仪表，检查仪表正常，使仪表的各项设定满足使用要求；确定罩体的摆放位置来罩住风口，风口宜位于罩体的中间位置；保证无漏风，观察仪表的显示值，待显示值趋于稳定后，读取风量值，当风口风量较大时，风量罩罩体和测量部分的节流对风口的阻力会增加造成风量下降较多，为了消除这部分的风口风量较少，需要进行背压补偿。依据读取的风量值，考虑是否需要进行背压补偿，当风量值≤1500m3/h时，无需进行背压补偿，所读风量值即为所测风口的风量值；当风量值>1500 m3/h时，使用背压补偿挡板进行背压补偿，读取仪表显示值即为所测的风口补偿后风量值。