冷库系统方面，生物制药企业的冷库必须保证成品的储存条件，制冷剂一般设计有两套切换使用，也相当于有一用一备以确保物料的安全，物料的转移作为备用方案。
洁净室墙体厚度的决定也可通过风险分析来定义，洁净窗采用单层还是双层需根据具体要求采用。虽然废水处理系统是无影响系统，但也会造成生产废水无法及时排放而影响生产业务。
生物药厂工程设计也要包括以下几个方面。
第一，工厂总图设计。在厂址确定之后，涉及厂区各区域的划分和布局、车间和其他设施的组成和布局、运输系统的布局，厂区管线(物料、水、电汽、气等)的布局、绿化布局、远期发展、布局规划等。
第二，洁净室空调工艺设计。涉及工艺流程、设备选购、生产能力估算、劳动定员和生产班制、车间水、电汽(气)、冷公用工程量的估算、管道计算和设计、设计说明书的编写、概预算的编写、此外还要对其他专业提出要求。
第三，其他设计。采暖通风、供热、供电(照明和动力)、供汽(气)、弱电、火灾报警、自控仪表、工程经济、总图运输、管道等。
在无尘车间的建造合同中通常只指定了最基本的空态测试，而静态和动态测试常常因为紧张的工期而被遗漏。但我们仍建议承建商和业主在静态和动态条件下都对无尘车间进行测试。这将确保无尘车间的建造符合设计要求。静态和动态两种不同条件下测试结果的对比将对分析无尘车间所存在的问题提供很有效的帮助。例如：在静态条件下洁净度达标而到了动态条件下却超标。这可能是因为糟糕的无尘车间管理：安装机器时不规范的清洁，不恰当的清洁程序，不严格的纪律管理，不正确的机器放置位置（挡住了回风口或阻断了过滤器的送风）等。因此，我们建议在空态和动态时都要对无尘车间进行测试。
我们所推荐的无尘车间测试项目包括过滤器风速有其均匀性、过滤器安装检漏、压差、气流平行度、洁净度、噪声、光照度、湿／温度等等。这些是基本的测试项目，它包括了主要的和辅助的测试项目。这些项目应于无尘车间最初设计的标准和参数相一致，测试认证应在无尘车间移交业主前完成。
所有无尘车间测试项目中有4个主要项目（过滤器风速及其均匀性、过滤器安装检漏、压差和洁净度）是最重要和最基本的。在设备进入无尘车间前必须完成。其它的一些辅助测试项目如气流平行度（只适用于单向流无尘车间）、温、湿度、光照度、噪声也需要完成，因为它们与无尘车间中空气的运动和环境参数有关。我们认为至少在动态条件下需要做以上这些辅助测试。