制药厂洁净室工程设计注重节能、环保和消防措施。环境工程贯彻于主体工程同时设计、同时施工、同时投产的“三同时”原则。而项目设计不仅要满足项目实施的需要，还要同时为企业的未来发展留有余地。
具体而言，洁净空调系统通常按不同的功能区设计，基本各功能区独立空调，是工程部运行维护的重点，也通过充分的验证及BMS/EMS监控来保障。
纯化水系统中是否一定要配置EDI也可根据生产需求。此外，压缩空气分配系统0.22μm的除菌过滤器的安装位置，分析结果可为动力房等非洁净区用点，该类用点无需经过除菌过滤。
生物药厂工程设计也要包括以下几个方面。
第一，工厂总图设计。在厂址确定之后，涉及厂区各区域的划分和布局、车间和其他设施的组成和布局、运输系统的布局，厂区管线(物料、水、电汽、气等)的布局、绿化布局、远期发展、布局规划等。
第二，洁净室空调工艺设计。涉及工艺流程、设备选购、生产能力估算、劳动定员和生产班制、车间水、电汽(气)、冷公用工程量的估算、管道计算和设计、设计说明书的编写、概预算的编写、此外还要对其他专业提出要求。
第三，其他设计。采暖通风、供热、供电(照明和动力)、供汽(气)、弱电、火灾报警、自控仪表、工程经济、总图运输、管道等。
背压补偿模式测试：为了使测得风量值更接近于风量的真实值，减小由于风量罩对系统造成压损而产生的测试误差。建议在风量大于1500 m/h时采用背压补偿模式测试,
1）当测试模式为“B.Press”时，按下“START”键仪器开始测量，风量稳定后测试自动停止。
2）界面提示“打开背压板”，手动把背压板打开后，按下“START”键，仪器开始测试。
3）测试结束后仪器自动停止，显示经过背压补偿后的风量值。
4）若对停止时的风量进行保存，可以按“SAVE”键将本次测得风量值保存，“Cycle”自动加1。
大多数的验收标准是由无尘车间的业主和承建商通过协商，并参考专业无尘车间测试认证公司的建议而达成的协议。由于独立的第三方测试认证公司通常能对于无尘车间的测试提出适合的方案，因此中建南方建议业主和承建商在开始讨论无尘车间的各种技术参数，测试方式和验收标准时就邀请测试认证公司参与。在对有关参数或标准产生分歧时，测试认证公司将以自己的专业知识在业主和承建商之间起到调解人的作用。