制药厂洁净室工程设计注重节能、环保和消防措施。环境工程贯彻于主体工程同时设计、同时施工、同时投产的“三同时”原则。而项目设计不仅要满足项目实施的需要，还要同时为企业的未来发展留有余地。
具体而言，洁净空调系统通常按不同的功能区设计，基本各功能区独立空调，是工程部运行维护的重点，也通过充分的验证及BMS/EMS监控来保障。
纯化水系统中是否一定要配置EDI也可根据生产需求。此外，压缩空气分配系统0.22μm的除菌过滤器的安装位置，分析结果可为动力房等非洁净区用点，该类用点无需经过除菌过滤。
冷库系统方面，生物制药企业的冷库必须保证成品的储存条件，制冷剂一般设计有两套切换使用，也相当于有一用一备以确保物料的安全，物料的转移作为备用方案。
洁净室墙体厚度的决定也可通过风险分析来定义，洁净窗采用单层还是双层需根据具体要求采用。虽然废水处理系统是无影响系统，但也会造成生产废水无法及时排放而影响生产业务。
洁净室悬浮微生物法应采用离心式、狭逢式和针孔式等碰击式采样器，采样时间应根据空气中微生物浓度来决定，采样点数可与测定空气洁净度测点数相同。各种采样器应按仪器说明书规定的方法使用。沉降微生物法，应采用直径９０mm培养皿，在采样点上沉降３０mm后进行采样，培养皿最少采样数应符合表Ｂ.５.２的规定。
风量罩罩体与风口尺寸相差较大时会造成较大的测量误差，所以需要用尺寸相近的罩体进行测量。根据待测风口的尺寸、面积，选择与风口的面积较接近的风量罩罩体，且罩体的长边长度不得超过风口的长边长度的3倍；风口的面积不应小于罩体边界面积的15%，选择合适的罩体后，打开测量仪表，检查仪表正常，使仪表的各项设定满足使用要求；确定罩体的摆放位置来罩住风口，风口宜位于罩体的中间位置；保证无漏风，观察仪表的显示值，待显示值趋于稳定后，读取风量值，当风口风量较大时，风量罩罩体和测量部分的节流对风口的阻力会增加造成风量下降较多，为了消除这部分的风口风量较少，需要进行背压补偿。依据读取的风量值，考虑是否需要进行背压补偿，当风量值≤1500m3/h时，无需进行背压补偿，所读风量值即为所测风口的风量值；当风量值>1500 m3/h时，使用背压补偿挡板进行背压补偿，读取仪表显示值即为所测的风口补偿后风量值。