微生物检测方法有空气悬浮微生物法和沉降微生物法两种，采样后的基片（或平皿）经过恒温箱内３７℃、４８h的培养生成菌落后进行计数。使用的采样器皿和培养液必须进行消毒灭菌处理。采样点可均匀布置或取代代表性地域布置。
洁净室悬浮微生物法应采用离心式、狭逢式和针孔式等碰击式采样器，采样时间应根据空气中微生物浓度来决定，采样点数可与测定空气洁净度测点数相同。各种采样器应按仪器说明书规定的方法使用。沉降微生物法，应采用直径９０mm培养皿，在采样点上沉降３０mm后进行采样，培养皿最少采样数应符合表Ｂ.５.２的规定。
背压补偿模式测试：为了使测得风量值更接近于风量的真实值，减小由于风量罩对系统造成压损而产生的测试误差。建议在风量大于1500 m/h时采用背压补偿模式测试,
1）当测试模式为“B.Press”时，按下“START”键仪器开始测量，风量稳定后测试自动停止。
2）界面提示“打开背压板”，手动把背压板打开后，按下“START”键，仪器开始测试。
3）测试结束后仪器自动停止，显示经过背压补偿后的风量值。
4）若对停止时的风量进行保存，可以按“SAVE”键将本次测得风量值保存，“Cycle”自动加1。
我们所推荐的无尘车间测试项目包括过滤器风速有其均匀性、过滤器安装检漏、压差、气流平行度、洁净度、噪声、光照度、湿／温度等等。这些是基本的测试项目，它包括了主要的和辅助的测试项目。这些项目应于无尘车间最初设计的标准和参数相一致，测试认证应在无尘车间移交业主前完成。
所有无尘车间测试项目中有4个主要项目（过滤器风速及其均匀性、过滤器安装检漏、压差和洁净度）是最重要和最基本的。在设备进入无尘车间前必须完成。其它的一些辅助测试项目如气流平行度（只适用于单向流无尘车间）、温、湿度、光照度、噪声也需要完成，因为它们与无尘车间中空气的运动和环境参数有关。我们认为至少在动态条件下需要做以上这些辅助测试。