制药厂洁净室工程设计注重节能、环保和消防措施。环境工程贯彻于主体工程同时设计、同时施工、同时投产的“三同时”原则。而项目设计不仅要满足项目实施的需要，还要同时为企业的未来发展留有余地。
具体而言，洁净空调系统通常按不同的功能区设计，基本各功能区独立空调，是工程部运行维护的重点，也通过充分的验证及BMS/EMS监控来保障。
纯化水系统中是否一定要配置EDI也可根据生产需求。此外，压缩空气分配系统0.22μm的除菌过滤器的安装位置，分析结果可为动力房等非洁净区用点，该类用点无需经过除菌过滤。
洁净室悬浮微生物法应采用离心式、狭逢式和针孔式等碰击式采样器，采样时间应根据空气中微生物浓度来决定，采样点数可与测定空气洁净度测点数相同。各种采样器应按仪器说明书规定的方法使用。沉降微生物法，应采用直径９０mm培养皿，在采样点上沉降３０mm后进行采样，培养皿最少采样数应符合表Ｂ.５.２的规定。
在风速均匀上装有风压传感器，传感器将风速的变化反应出，再根据基底的尺寸将风量计算出来。风量罩的显示采用PDA，大屏幕液晶屏显示直观，直接可以得到风速风温和风量的数据，可以设置记录时间间隔进行连续的参数记录，以便对数据进行分析。测量和记录的数据被记录在存储卡上,不会丢失,可以通过计算机的串口将数据传递到PC机上以及做进一步的应用。
在无尘车间的建造合同中通常只指定了最基本的空态测试，而静态和动态测试常常因为紧张的工期而被遗漏。但我们仍建议承建商和业主在静态和动态条件下都对无尘车间进行测试。这将确保无尘车间的建造符合设计要求。静态和动态两种不同条件下测试结果的对比将对分析无尘车间所存在的问题提供很有效的帮助。例如：在静态条件下洁净度达标而到了动态条件下却超标。这可能是因为糟糕的无尘车间管理：安装机器时不规范的清洁，不恰当的清洁程序，不严格的纪律管理，不正确的机器放置位置（挡住了回风口或阻断了过滤器的送风）等。因此，我们建议在空态和动态时都要对无尘车间进行测试。