制药厂洁净室工程设计注重节能、环保和消防措施。环境工程贯彻于主体工程同时设计、同时施工、同时投产的“三同时”原则。而项目设计不仅要满足项目实施的需要，还要同时为企业的未来发展留有余地。
具体而言，洁净空调系统通常按不同的功能区设计，基本各功能区独立空调，是工程部运行维护的重点，也通过充分的验证及BMS/EMS监控来保障。
纯化水系统中是否一定要配置EDI也可根据生产需求。此外，压缩空气分配系统0.22μm的除菌过滤器的安装位置，分析结果可为动力房等非洁净区用点，该类用点无需经过除菌过滤。
用培养皿沉降菌，用碰撞式采样器或过滤采样器测定游浮菌，还应遵守以下规定：
１、采样装置采样前的准备及采样后的处理，均应在设游高效空气过滤器排风的负压实验室进行操作，该实验室的温度应为２２±２℃；相对湿度为５０％±１０％；
２、采样仪器应消毒灭菌；
３、采样器选择应审核其精度和效率，并有合格证书；
４、采样装置的排气不应污染洁净室；
５、沉降皿个数及采样点、培养基及培养温度、培养时间应按有关规范的规定执行；
６、洁净室浮游菌采样器的采样率宜大于１００Ｌ／min；
７、碰撞培养基的空气速度应小于２０m/s。
大多数的验收标准是由无尘车间的业主和承建商通过协商，并参考专业无尘车间测试认证公司的建议而达成的协议。由于独立的第三方测试认证公司通常能对于无尘车间的测试提出适合的方案，因此中建南方建议业主和承建商在开始讨论无尘车间的各种技术参数，测试方式和验收标准时就邀请测试认证公司参与。在对有关参数或标准产生分歧时，测试认证公司将以自己的专业知识在业主和承建商之间起到调解人的作用。
我们所推荐的无尘车间测试项目包括过滤器风速有其均匀性、过滤器安装检漏、压差、气流平行度、洁净度、噪声、光照度、湿／温度等等。这些是基本的测试项目，它包括了主要的和辅助的测试项目。这些项目应于无尘车间最初设计的标准和参数相一致，测试认证应在无尘车间移交业主前完成。
所有无尘车间测试项目中有4个主要项目（过滤器风速及其均匀性、过滤器安装检漏、压差和洁净度）是最重要和最基本的。在设备进入无尘车间前必须完成。其它的一些辅助测试项目如气流平行度（只适用于单向流无尘车间）、温、湿度、光照度、噪声也需要完成，因为它们与无尘车间中空气的运动和环境参数有关。我们认为至少在动态条件下需要做以上这些辅助测试。