水体污染的危害是多方面的，这里简单介绍一下水体污染对人体健康的影响。
● 引起急性和慢性中毒。水体受有毒有害化学物质污染后，通过饮水或食物链便可能造成中毒。著名的水俣病、痛痛病是由水体污染引起的。
● 致癌作用。某些有致癌作用的化学物质如砷、铬、镍、铍、苯胺、苯并（a）芘和其他多环芳烃、卤代烃污染水体后，可被悬浮物、底泥吸附，也可在水生生物体内积累，长期饮用含有这类物质的水，或食用体内蓄积有这类物质的生物（如鱼类）就可能诱发癌症。
● 发生以水为媒介的传染病。人畜粪便等生物污染物污染水体，可能引起细菌性肠道传染病如伤寒、痢疾、肠炎、霍乱等；肠道内常见病毒如脊髓灰质类病毒、柯萨奇病毒、传染性肝炎病毒等，皆可通过水体污染引起相应的传染病。1989年上海的"甲肝事件"，就是由水体污染引起的。在发展中国家，每年约有6000万人死于腹泻，其中大部分是儿童。
● 间接影响。水体污染后，常可引起水的感官性状恶化，如某些污染物在一定浓度下，对人的健康虽无直接危害，但可使水发生异臭、异色，呈现泡沫和油膜等，妨碍水体的正常利用。铜、锌、镍等物质在一定浓度下能抑制微生物的生长和繁殖，从而影响水中有机物的分解和生物氧化，使水体自净能力下降，影响水体的卫生状况。
水体污染既可严重危害生态系统，还可造成严重的经济损失。
主要污染物的影响：
铅： 对肾脏、神经系统造成危害，对儿童具高毒性，致癌性已被证实
镉： 对肾脏有急性之伤害
砷： 对皮肤、神经系统等造成危害，致癌性已被证实
汞： 对人体的伤害极大，伤害主要器官为肾脏、中枢神经系统
硒： 高浓度会危害肌肉及神经系统
亚硝酸盐： 造成心血管方面疾病，婴儿的影响最为明显（蓝婴症），具致癌性
总三卤甲烷： 以氯仿对健康的影响，致癌性方面最常发生的是膀光癌
三氯乙烯（有机物）： 吸入过多会降低中枢神经、功能，长期暴露对肝脏有害
四氯化碳（有机物）： 对人体健康有广泛影响，具致癌性，对肝脏、肾脏功能影响极大