科技档案系统化的过程。分两个过程完成：归档前由科技部门对科技文件进行鉴别、组卷和编目；归档后由档案部门对科技档案案卷进行分类、编号和排架。整理工作应遵循科技档案的形成规律，保持其间的有机联系，便于保管、保密和利用。一般不按全宗进行整理。由于不同种类的科技档案的形成规律与有机联系不同，整理时首先按科技档案大类分开，按类整理；其次在大类内按成套性特征分套整理。