专项审计报告是指注册会计师根据中国注册会计师审计准则的规定，在实施审计工作的基础上对被审计单位的专门某一项目款项的财务报表发表审计意见的书面文件。
专项审计报告应包括以下主要内容：
一．说明部分
1．说明委托方名称（被审计企业名称）及委托目的（审计目的）；
2．说明会计责任、审计责任、审计依据。
二．企业及项目基本情况
1．企业基本情况，包括：公司名称、注册日期、营业执照颁发机构、注册号码、注册资本，法定代表人、公司住所，经营范围。
2．简述项目情况。
三．基金项目合同及相关规定
1．项目申报时间、项目名称、合同签订时间、立项代码、取得创新基金资助金额及资助方式。
2．项目投资总额。
3．创新基金用途。
4．项目合同规定的各项经济指标情况。
四．合同执行期间项目各项经济指标完成情况
五．报告附注