医院拥有较强的专业技术力量，内科ICU应用呼吸机呼吸衰竭的抢救成功率达90％以上；内科应用介入疗法动脉导管未闭、单纯性肺动脉瓣狭窄、房（室）间隔缺损及复杂性先天性病的诊断，居国内先进水平；微创外科是全国儿童医院中建立早的学科之一，目前开展的手术种类有30余种，病种及手术例数居国内首位，在全国小儿微创外科占主导地位；外科应用经胸膜外手术结扎未闭动脉导管、急症手术救治先天性病合并心力衰竭的高危新生儿，小年龄为生后14小时，获得卫生局科技进步奖；耳鼻喉科在全国儿童医院中早获得开展儿童人工耳蜗植入手术资质，现已利用该技术帮助20余位聋儿重获听力和语言功能，效果良好。