不同产地的冬虫夏草差异是比较大的。西藏那曲、昌都虫草和青海玉树、果洛虫草的品质是最高的，价格也最贵。因此，很多不法商家经常以其他产地的虫草来冒充青藏两个地区的虫草，以次充好来销售。这两个产地的虫草相比其他产地有以下特点：
那曲冬虫夏草颜色略黄于玉树冬虫夏草。西藏那曲虫草虫体表面色泽最为黄净，玉树冬虫夏草相对来说呈黄褐色。其他产地虫草色或淡，或泛红而灰白。另外，西藏那曲所产虫草眼睛颜色为棕色，青海玉树和果洛所产虫草眼睛颜色为黄色，川草和其它地区所产的草多为红色或深褐色。
相同大小的虫草那曲的要轻点，因此，同一规格虫草的玉树虫草看起来更紧实，那曲虫草会显得虫体更肥大一些。
西藏那曲虫草虫体和尾皆透亮油润，有股浓酥油的香味，青海虫草气味有一种浓郁的类香菇味，其他产地虫草的香味则极淡。
四川阿坝、甘孜等地也出产冬虫夏草。其产品质量逊于青海、西藏产的冬虫夏草。总体来说，四川产冬虫夏草肉质偏硬，色泽较深，味道苦，虫草的眼睛为深褐色。根据古代文献来看，《本草重新》纪录古四川嘉定府所产虫草最好。当然这也可能是古人能到的地域限制造成的。